「はぁ・・・」溜め息をしながらいつものように注射を受ける少女がいる。「本当にこの注射・・・何の意味があるんだろう」そう疑問を持ちながらも行く当てのない私を保護してくれているこの施設からは逃げようとも思わなかった。特に行くあてもないからだ・・・私の名前はミリア。グリーン・アイという施設でお世話になっているただの女の子。１日に必ず３回の注射を受けることになっている。痛くもないし、ましてや病気もしていない。じゃあ・・・何のために？担当の人たちに聞いても、みんな答える内容は同じ病気の治療薬の開発のため。同じ答えしか返ってこないので聞くことをやめてしまった。なんでもアークス達が使っているモノメイトとかいう回復アイテムを製作した大手会社の傘下であるグリーン・アイ。...
LIFLE STORY１から数ヶ月後の話。アークス達は長く続くダーカーとの戦いに疲弊していた。アークス上層部は法律改案を行い、アークスでない一般市民でも戦闘許可を出す形にした。フォトンが完全に扱えないためアークスと比べれば戦闘能力は良いとは言えない。しかし、それら全てを相手にするには限界があった。アークスの部隊の下に立つもう一つの組織を民間警備隊と呼称。アークスはエネミー全般を対応するがこちらは『ダーカー』のみを担当する。分割することでアークスの負担を減らそうという案だ。そしてその組織に所属しているのがLIFLEとその仲間達。これは彼が経験した物語である。